#!/bin/bash

source "$BP_DIR/bp_test/lib/test.sh"

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -x"
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.1
clean
rm -rf $tmp_dir

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -x"
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
clean
rm -rf $tmp_dir

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -Z gzip -x"
gunzip $tmp_dir/*.gz
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
clean
rm -rf $tmp_dir

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -Z bzip2 -x"
bunzip2 $tmp_dir/*.bz2
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.2
clean
rm -rf $tmp_dir

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_LEN -w 4 -x"
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.3
clean
rm -rf $tmp_dir

mkdir $tmp_dir
run "$bp -I $in -d $tmp_dir -k SEQ_NAME -p Length -x"
assert_no_diff_dir $tmp_dir $out.4
clean
rm -rf $tmp_dir
